Chromatografia jonowa jest metodą chromatografii cieczowej stosowaną w chemii analitycznej. Jest ona szczególnie przydatna do rozdzielania jonów, cząsteczek, które zostały naładowane poprzez zyskanie lub utratę jednego lub więcej elektronów. Jony są rozdzielane na podstawie ich ruchliwości, która zależy od ich wielkości i ładunku.
Chromatografia jonowa jest stosowana od lat 50-tych do rozdzielania jonów w zależności od ich stosunku masy do ładunku (m/z). Technika ta została udoskonalona w latach 70-tych poprzez wprowadzenie separacji wykluczania jonów. Te udoskonalenia sprawiły, że chromatografia jonowa stała się jedną z najczęściej stosowanych technik analizy biomolekuł, takich jak białka i kwasy nukleinowe. Wysoka rozdzielczość i czułość tej techniki sprawiają, że dobrze nadaje się ona do tych zastosowań.
Chromatografia jonowa działa poprzez przyłożenie napięcia do fazy stacjonarnej (zwykle żelu krzemionkowego) w polu elektrycznym. Faza ruchoma składa się z rozpuszczalnika, który może zawierać jony, jak również inne naładowane cząsteczki lub cząsteczki. Te naładowane cząsteczki są przyciągane do fazy stacjonarnej i ulegają adsorpcji, która może być wykryta jako piki na wykresie wysokości piku w stosunku do czasu lub powierzchni pod krzywą (AUC). Czas potrzebny do pojawienia się każdego piku wskazuje, jak silnie oddziałuje on z fazą stacjonarną, a zatem jak ściśle odpowiada jej właściwościom chemicznym.
